Tweede Wereldoorlog; terug naar eenmanszaak
Nadat de grote werken in de jaren 40-41 door Bakker zijn opgeleverd, worden er weinig werken meer aangenomen.
Er wordt alleen nog werk uitgevoerd bij Bruynzeel, en bij Van Houten te Weesp.
Het bedrijf wordt in de loop van de Tweede Wereldoorlog teruggebracht tot praktisch een éénmanszaak om zodoende niet voor de Duitsers te hoeven werken.
Op het Bruynzeel terrein en op het Hembrugterrein wordt in 1945 door ca 60 timmerlieden van Bakker gewerkt aan prefab noodgebouwen, als eerste hulp aan daklozen , slachtoffers van de 2e wereldoorlog in West Nederland. Deze werden geplaatst van de Wieringermeer tot en met Zeeland. Het betrof een door Bruynzeel ontwikkeld prefab systeem.
Na de oorlog volgt de wederopbouw. In eerste instantie als noodhulp in de polders waar diverse boerderijen en andere agrarische bedrijven weer operationeel moeten worden gemaakt.
Vanaf 1947 komen de eerste woningbouwprojecten weer op gang en Jan Bakker neemt diverse grote werken aan.